全速上传测序数据至NCBI数据库


今天由于投稿需要,要求将测序的原始数据上传至NCBI或者ENA数据库,于是网上查了半天教程,似乎讲得都不怎么完全,对于第一次接触的人来说还是挺不友好,于是综合各家手法,得到了今天这一套教程。


1. 注册NCBI的账号

没有账号的点击这儿注册:点我注册

2. 登录并转到SRA

注册完成后点击登录,登录后选择SRA数据库,并选择如下红框中的Submit to SRA按钮。

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选择后便弹出如下窗口:最重要的是这里我们拿到一个NCBI给定的一个相当于个人的登录号一样的牌照,如下被我遮挡住的地方,直接复制这一行命令,并修改你Aspera的密钥地址(这个安装以后的路径一般默认在这儿:我忘了我是命令行自己变异的还是用conda安装的了,你们需要自己先安装这个软件。

~/miniconda3/bin/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

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2.3 linux命令行上传数据

上传的命令如下:这是我自己的路径,你们的需要修改一下

ascp -i ~/miniconda3/bin/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
-QT -l1000m -k1 -d RawdataDir \ 
subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/email_yeah.net_QHvjADMz/sra_data 
# email这一行就是NCBI给你分配的账号信息,直接拿过来用,sra_data这个是上传保存的位置
# -l1000m 这个是上传最大速度为1000 M,刺激吗
# -k1 这个是断点续传
# -d 原始数据绝对路径

好 ,下面是上传的效果图:

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速度超级快的呢!

现在我看Aspera也有windows版本,大家可以下载使用。可能速度就是没这么快而已!


文章作者: chaoyuny
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