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WGCNA分析专栏1-数据准备 WGCNA分析专栏1-数据准备
1. 简要概述1.1 WGCNA用来做什么Weighted Gene Co-Expression Network Analysis(WGCNA, 加权基因共表达网络分析),主要用于鉴定表达模式相似的基因集合(module)。解析基因集合与样
2021-07-13
基于R语言的样本聚类-3 基于R语言的样本聚类-3
1. 概述上一期在文章基于R语言的样本聚类-1和基于R语言的样本聚类-2中分别提到了用于样本聚类(样本件相似性)的两种方法,分别是聚类树和相关性分析,本期我们将使用R语言作出基于PCA分析的样本聚类。
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1. 下载VSCodeVSCode:点我下载 安装OpenSSH win+x #随后选择Windows PoweShell(管理员) Get-WindowsCapability -Online | ? Name -like 'Ope
2021-07-03
基于R语言的样本聚类-2 基于R语言的样本聚类-2
1. 概述上一期的文章基于R语言的样本聚类-1用R语言实现了基于聚类距离的聚类树的实现,最终的结果是得到基于某个表型(比如基因表达趋势变化)的分组,在同一个分支(一类)上的两个样本有更多的相似之处,上一期的最终效果如下图: 而用于检测或
基于R语言的样本聚类-1 基于R语言的样本聚类-1
1. 概述1.1 聚类和分类有人会觉得聚类就是分类,而其实在严格意义上,聚类与分类并不是一回事,两者有着很大的差异。 分类是按照已定的程序模式和标准进行判断划分,如男人和女人,在这里,你可以理解为这是分类/分组数据(注意了,不同的数据类型有
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2021-07-02 chaoyuny
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1. 清空环境变量及控制台rm(list = ls()) cat("\014") 2. 加载包如果没有请自行下载,如果基础板安装不上,可以用bioconductor安装,点我查看安装方法 library(ti
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